基于克隆文库筛选的池设计

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基于克隆文库筛选的池设计

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管宇. 基于克隆文库筛选的池设计[J]. 浙江农林大学学报, 2007, 24(1): 105-109.

引用本文:

管宇. 基于克隆文库筛选的池设计[J]. 浙江农林大学学报, 2007, 24(1): 105-109.

GUAN Yu. Pooling designs based on clone library screenings[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2007, 24(1): 105-109.

Citation:

GUAN Yu. Pooling designs based on clone library screenings[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2007, 24(1): 105-109.

基于克隆文库筛选的池设计

管宇^,

1.
浙江林学院理学院,浙江临安311300

基金项目:

浙江省自然科学基金资助项目(Y104420);浙江省教育厅资助项目(20040507)

详细信息

作者简介: 管宇,副教授,从事统计计算和生物数学等研究。

通信作者: 管宇,副教授,从事统计计算和生物数学等研究。

中图分类号: O157.2; S11+ 9

Pooling designs based on clone library screenings

GUAN Yu^,

1.
School of Science, Zhejiang Forestry College, Linan 311300, Zhejiang, China

Funds:

浙江省自然科学基金资助项目(Y104420);浙江省教育厅资助项目(20040507)

摘要: 池设计(pooling design)是基于克隆文库筛选(clone library screening)的一种实验设计,要求从大量的克隆体中筛选出其中含有某组特定核苷酸串的克隆体,它属于组合群试。一个池设计方案用一个二元关联矩阵(称为分离矩阵)表示,行对应于试验,列对应于克隆集合的体;考虑到生物实验存在误差,分离矩阵还需要有查错和纠错能力。利用子集或子空间之间的包含关系可以构建出分离矩阵,它的每行和每列中元素1的个数分别都一样,但试验总次数即行数明显大于信息下界。参13
- 克隆文库 /
- 池设计 /
- 群试 /
- 分离矩阵 /
- 信息界
Abstract: A pooling design based on clone library screenings is an experimental strategy to find cloneswith special nucleotide strings; it is also an algorithm of combinatorial group testing.A binary conjunctional matrix, sometimes called a disjunctmatrix, with a row corresponding to an experiment and a column to a clone, is usually used to represent the pooling design. Since errors exist during biological experiments, a disjunct matrix should have detecting and correcting capabilities.Utilizing the inclusion relationship between two subsets or subspaces, disjunct matrices with the same numberof elements 1 in each rowand columnwere constructed.However, the experimental number of elementswas greater than the lower bound of information.[Ch, 13 ref.]
- clone library /
- pooling design /
- group testing /
- disjunctmatrix /
- bound of information

[1]	谢立红, 黄庆阳, 曹宏杰, 杨帆, 王继丰, 王建波, 倪红伟. 五大连池火山蒙古栎种群结构及动态特征 . 浙江农林大学学报, 2022, 39(5): 960-970. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20210785
[2]	詹利云, 刘琏, 曾燕如, 喻卫武, 戴文圣. 雄性榧树天然居群表型多样性及优株初选 . 浙江农林大学学报, 2020, 37(6): 1120-1127. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190676
[3]	王万同, 王金霞, 付强. 基于遥感的中原城市群区域生态资产评价 . 浙江农林大学学报, 2018, 35(6): 1146-1154. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2018.06.020
[4]	赖超, 方陆明, 李记, 周昌和, . 森林资源信息集成系统的设计与实现 . 浙江农林大学学报, 2015, 32(6): 890-896. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2015.06.010
[5]	彭沙沙, 童再康, 黄华宏, 周厚君, 时剑, 林二培. 杉木纤维素合成酶类似蛋白基因ClCslD1的克隆及其生物信息学分析 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(1): 1-6. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.01.001
[6]	郝红, 徐常青, 张新平. 基于非负矩阵分解的航拍图像信息提取 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(1): 72-77. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.01.013
[7]	管雨, 杨洋, 张智俊, 罗淑萍, 汤定钦. 毛竹大片段双元细菌人工染色体基因组文库的构建 . 浙江农林大学学报, 2011, 28(4): 527-532. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2011.04.001
[8]	尤海梅, 小池文人. 基于Lefkovitch矩阵模型的山酢浆草种群动态分析 . 浙江农林大学学报, 2011, 28(1): 66-71. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2011.01.011
[9]	黄银芝, 周秦, 黄有军, 曾燕如. 山核桃脂肪代谢相关cDNA文库的构建 . 浙江农林大学学报, 2011, 28(1): 80-85. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2011.01.013
[10]	杨晔, 蒋晶, 乔桂荣, 周婧, 陈银, 何正权, 李海营, 卓仁英. 利用酿酒酵母表达氯化钠胁迫下旱柳全长cDNA文库 . 浙江农林大学学报, 2009, 26(4): 473-478.
[11]	谢云, 吴斌帅, 汪益锋. 张家界市城市行道树种选择探讨 . 浙江农林大学学报, 2006, 23(2): 188-192.
[12]	滕立, 莫建初, 王艾青, 张良, 刘显钧, 胡天生. 不同巢群台湾乳白蚁的格斗行为 . 浙江农林大学学报, 2005, 22(5): 566-571.
[13]	姜真杰, 程军. 高校人力资源管理信息系统的设计 . 浙江农林大学学报, 2003, 20(1): 98-101.
[14]	李土生, 杨幼平, 贾伟江, 翁卫松, 王同新, 华均健. 浙江省森林防火地理信息指挥系统的设计与开发 . 浙江农林大学学报, 2002, 19(3): 273-276.
[15]	管宇. 方程求实根的四分试位算法 . 浙江农林大学学报, 2001, 18(2): 184-187.
[16]	管宇. 条件概率矩阵和信道理论及Markov 链 . 浙江农林大学学报, 2000, 17(4): 430-435.
[17]	周林, 傅先义, 张正跃, 马以秀, 朱国生. 江苏里下河地区池杉造林密度模型的研究 . 浙江农林大学学报, 1999, 16(2): 145-150.
[18]	马军山. 水库景观设计研究 . 浙江农林大学学报, 1997, 14(2): 178-181.
[19]	吴祖映, 储家森, 唐明荣, 柴世民, 童祝平. 土壤水分状况对池杉形态结构及生长状况的影响 . 浙江农林大学学报, 1996, 13(3): 364-366.
[20]	吴祖映, 储家森, 唐明荣, 柴世民, 董作平. 不同立地对池杉林生长的影响 . 浙江农林大学学报, 1995, 12(2): 144-148.

链接本文:
https://zlxb.zafu.edu.cn/article/id/1244

https://zlxb.zafu.edu.cn/article/zjnldxxb/2007/1/105

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基于克隆文库筛选的池设计

管宇^,

1. 浙江林学院理学院,浙江临安311300

基金项目:

浙江省自然科学基金资助项目(Y104420);浙江省教育厅资助项目(20040507)

作者简介:
管宇,副教授,从事统计计算和生物数学等研究。

通信作者: 管宇,副教授,从事统计计算和生物数学等研究。

收稿日期: 2006-02-18
修回日期: 2006-05-22
刊出日期: 2007-02-20

中图分类号: O157.2; S11+ 9

关键词:

摘要: 池设计(pooling design)是基于克隆文库筛选(clone library screening)的一种实验设计,要求从大量的克隆体中筛选出其中含有某组特定核苷酸串的克隆体,它属于组合群试。一个池设计方案用一个二元关联矩阵(称为分离矩阵)表示,行对应于试验,列对应于克隆集合的体;考虑到生物实验存在误差,分离矩阵还需要有查错和纠错能力。利用子集或子空间之间的包含关系可以构建出分离矩阵,它的每行和每列中元素1的个数分别都一样,但试验总次数即行数明显大于信息下界。参13