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随着全球气候变化的日益严峻,温室气体排放成为研究热点。毛竹Phyllostachys edulis林是重要的森林资源,其扩张现象日趋严峻,并通过多种途径影响土壤碳氮库及温室气体排放。关于毛竹扩张过程中土壤二氧化碳(CO2)及氧化亚氮(N2O)排放的响应机制尚不明确,这对于讨论毛竹林在全球碳氮循环中的作用至关重要。本研究旨在通过分析毛竹扩张对凋落物分解、土壤理化性质及土壤微生物群落的影响,讨论毛竹扩张对土壤CO2和N2O排放的影响及其机制。
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毛竹属禾本科Gramineae竹亚科Bambusoideae刚竹属Phyllostachys,是一种高大散生乔木状克隆植物,广泛分布于中国南方亚热带地区。毛竹林已经成为中国南方广泛分布的一种典型森林资源。毛竹生境多样,具有产量高、生长快、用途广和可持续性强等特点[1]。毛竹属于单轴散生型竹种,是典型的无性系植物[2],最快生长速度可以达1.0~2.0 m·d−1,一般3~5个月即可完成生长[3]。由于特殊的地下茎繁殖方式,毛竹林具有强大的水平拓展能力向周围蔓延,实现种群扩张,形成混交林甚至毛竹纯林,扩张潜力巨大。
毛竹扩张的现象最早是日本学者在日本广岛、竹原等地调查发现的。毛竹在中国属于本土物种,毛竹林面积呈持续增长趋势。第9届全国森林资源清查数据显示:全国竹林面积为641.16 万hm2,其中毛竹林面积为467.78 万hm2,占72.96%[4]。毛竹不断扩张对周边植被构成潜在威胁,已引发了多方面的生态问题,包括土壤温室气体排放增加[5−6]、群落结构破坏[7−8]、生物多样性丧失[9]、土壤质量改变[10−11]等,对整个生态系统及森林资源形成巨大威胁,引起了国内外生态学家的高度关注。毛竹表现出很强的入侵性,因此被视为一种潜在的入侵物种[12−13]。在相关研究中,毛竹扩张与毛竹入侵均指毛竹不断占用其他原生林分,且对原生林分造成一定影响,也称为“本地植物入侵”[14],因此,既有毛竹扩张也有毛竹入侵的说法[15]。
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据联合国政府间气候变化专门委员会(IPCC)第6次评估报告[16], CO2和N2O是2种重要的温室气体。2019年全球人为温室气体净排放量为(590±66)亿 t CO2当量,较2010年提高约12% (65亿 t CO2当量),比1990年高54% (210 亿t CO2当量)。2010—2019年的平均排放量为(560±60)亿t CO2当量,比2000—2009年每年高91亿t CO2当量。这是有记录以来最高的10 a平均排放量增长量。到2019年,CO2的平均年排放量达590亿t,N2O的平均年排放量达2.7亿t,且N2O的百年增温潜势是CO2的273倍。森林土壤是重要的碳氮库,其与N2O和CO2排放密切相关,毛竹扩张必然会在一定程度上影响森林土壤的N2O和CO2排放[17−18]。
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毛竹扩张通过改变林分内的植被类型,影响土壤养分循环及基本理化性质。毛竹庞大的地下鞭根系统使土壤形成许多孔隙,且其生物量和周转量大,增加了地下碳氮输入[19],造成林下土壤碳素和氮素积累,影响土壤碳氮循环及温室气体排放。赵雨虹等[11]研究发现:毛竹扩张常绿阔叶林过程中,混交林林分土壤密度大于常绿阔叶林,土壤孔隙度更小,持水能力更弱。毛竹扩张会破坏原生的土壤结构和功能,对原生森林土壤结构和物理性质造成影响,从而影响土壤气体排放[20],其中土壤孔隙结构对气体排放具有一定控制作用[21]。
植物入侵会增加原生林分中的土壤有机质质量分数,其中主要是土壤有机碳。毛竹扩张显著增加了扩张区域土壤CO2的累积排放量。土壤呼吸是CO2产生的主要过程,主要由植物根系呼吸和土壤微生物的异养呼吸产生[22]。毛竹扩张至阔叶林后,混交林土壤有机碳质量分数高于原生纯林,毛竹的鞭根主要分布于0~20 cm的土层内,表层土壤细根的生物量约是扩张前的6倍[23],庞大的根系加速毛竹对土壤养分的吸收,增加了林地内的细根生物量,增大了根系呼吸的CO2排放量[24]。此外,毛竹扩张增加了林内凋落物以及枯死根,分解形成的腐殖质不断累积,增加土壤碳输入,导致CO2排放上升[25]。凋落物类型和成分的不同,可能是毛竹入侵混交林后土壤有机碳质量分数产生差异的主要原因[26]。
毛竹扩张通过影响许多氮转化过程影响土壤N2O排放,其中硝化和反硝化作用是形成N2O的主要过程[27],凡是对这2个过程具有影响的因素(如土壤pH、碳氮底物可利用性、土壤温度、土壤水分、微生物群落结构和丰度等)发生变化均会导致土壤中N2O排放通量的变化[28]。土壤中的铵态氮(NH4 +-N)和硝态氮(NO3 −-N)作为土壤硝化作用与反硝化作用的反应底物,与土壤N2O排放量密切相关。毛竹扩张对土壤N2O排放具有不同的影响,包括促进、抑制或没有显著影响[5, 8, 29]。
毛竹向针阔混交林扩张的过程中,土壤化学性质的变化,导致土壤碳氮循环过程发生改变。相对于原生纯林,NH4 +-N质量分数升高,NO3 −-N质量分数降低[30−31],碳质量分数因林分类型不同而有所差异。毛竹扩张改变了原生林分的pH,与原生纯林相比,混交林的土壤pH升高,原因是毛竹凋落物通过增加土壤中钙离子等碱性阳离子从而影响土壤pH变化[32]。毛竹扩张提高了土壤固氮菌群落多样性,这可能会影响硝化及反硝化过程中的微生物活性[33],从而影响土壤氮循环过程。有研究指出:竹子扩张导致土壤氮素矿化加速,氨化作用加强,且NH4 +可能是引起土壤细菌群落变化的主要环境因子[34],但毛竹扩张后导致的pH升高会影响一些与硝化作用有关的微生物群落,抑制氨氧化细菌的活性,导致硝化作用减弱[35]。同时,还会降低反硝化细菌活性,抑制反硝化作用[36],进而影响土壤N2O的排放。
LI等[29]和PAN等[5]针对毛竹扩张对温室气体排放的影响研究表明:毛竹扩张后土壤养分发生改变,且阔叶林土壤较毛竹林土壤净硝化速率和氮矿化速率更低,N2O排放速率更低,混交林土壤N2O排放速率显著低于原生林分。
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凋落物分解是森林生态系统养分循环的重要过程[37]。作为植物和土壤的重要连接纽带,凋落物提供了土壤碳氮和其他化学成分,改变土壤理化性质、微生物生物量、微生物活性[38],在维持生态系统养分平衡中发挥着重要作用。此外,凋落物释放的化学物质也会影响温室气体排放[39−40]。植物扩张或外来植物入侵带来的一系列变化,如凋落物的数量和质量[41],以及土壤微生物群落结构和多样性[42],影响凋落物分解和养分输入土壤,同时影响土壤养分循环。毛竹扩张过程中会与原生林分进行空间和资源竞争[43],改变林分类型,导致林分内凋落物组成发生改变,进一步影响土壤养分和微生物多样性[44]。
毛竹纯林和混交林凋落物全碳质量分数在针叶林基础上分别降低了21.98%和13.70%,说明毛竹扩张会降低森林凋落物全碳质量分数[45]。凋落物分解为土壤中的异养微生物呼吸提供有机物,促进CO2产生。同时,凋落物层产生的隔热效应会影响土壤温度进而影响CO2的产生。
此外,毛竹快速生长期茎秆通过C4途径利用碳水化合物快速生长[46],扩张后显著增加土壤中的细根生物量,进而增大根系呼吸的CO2产生量。毛竹扩张进入日本柳杉Cryptomeria japonica纯林后,其凋落物分解加快,能释放更多的养分到土壤中,促进微生物对凋落物的分解,增加土壤的碳输入,从而增加混交林土壤CO2的排放。一般来说,土壤氮循环受土壤性质(包括土壤碳、氮质量分数及其有效性)、有机质输入和微生物特性影响。凋落物通过改变土壤微生物活性和土壤矿化作用影响硝化及反硝化作用,进而对土壤N2O排放产生影响[47]。凋落物层分解会产生大量可溶性有机碳,其向下渗透进入矿质土壤,为土壤微生物提供碳源[48−49],促进反硝化微生物的活性,进而提高反硝化速率,促进N2O的产生。凋落物中含有丰富的木质素和多酚类化合物,可以抑制氮转化过程中一些关键酶的活性,如抑制硝化菌中的氨氧化酶和反硝化菌中的N2O还原酶,从而抑制N2O的产生[50]。
李超[50]研究发现:毛竹与日本柳杉地上部分凋落物混合显著促进了日本柳杉凋落物的分解,即2种凋落物混合分解会产生非加和效应。在分解前期,混合分解的凋落物氮残留量低于单独分解,说明前期相比于单独分解,混合分解更有利于毛竹凋落物氮素的释放。混合凋落物分解的CO2累积排放量显著高于单独毛竹和日本柳杉分解,但N2O累积排放并无显著差异。PAN等[5]研究毛竹凋落物、日本柳杉凋落物、毛竹-日本柳杉混合凋落物的分解情况发现:混合凋落物分解后的残留生物量、总有机碳、全氮残留量均低于单独的毛竹和日本柳杉凋落物,混合凋落物加速分解,说明毛竹-日本柳杉凋落物混合分解具有协同非加和效应,加速了土壤养分归还。混合凋落物的物理和化学变化可能直接影响凋落物分解速率或通过微生物及其活性间接加速分解速率[51]。
混合凋落物N2O累积排放量低于单独毛竹或日本柳杉凋落物处理。混合凋落物处理土壤N2O排放量比日本柳杉或毛竹单一凋落物处理低16.8%和24.4%[5]。SONG等[13]研究发现:毛竹扩张到邻近森林导致土壤氮矿化率降低。一方面,凋落物分解直接调节土壤N2O的排放。另一方面,凋落物分解通过释放出有效碳和有效氮,间接影响土壤N2O排放量。分解期间,毛竹凋落物向周围环境释放次生代谢产物酚类和黄酮,逐渐显示出很强的他感作用[52],抑制了微生物的酶活性,进而减缓土壤氮转化率[53]。
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李超等[6]对毛竹扩张日本柳杉林的研究发现:毛竹扩张对土壤N2O和CO2排放产生影响,表现为混交林土壤N2O累积排放高于其他林分类型,且3种林分的土壤CO2累积排放量从高到低依次为混交林、毛竹纯林、日本柳杉纯林,说明毛竹扩张至日本柳杉林的过程中增大了土壤N2O和CO2的排放量。毛竹凋落物较低的碳氮比(C/N)可能会激发混交林土壤的微生物活性,从而影响土壤有机碳分解,同时提高土壤微生物异养呼吸产生的CO2,进而增大土壤CO2排放量。
毛竹扩张通过改变土壤细菌和真菌群落进而改变由土壤微生物驱动的碳氮循环过程[54]。丛枝菌根真菌是 80% 以上维管植物的专性共生体[55],与植物根系形成互利共生关系,它们可以在正常和胁迫条件下为植物提供养分并改善土壤结构,从而有利于植物生长[56]。ZOU等[57]对毛竹向日本柳杉林扩张过程中的3种林分内丛枝菌根真菌进行研究,发现丛枝菌根真菌群落组成在不同森林类型中有显著差异,毛竹扩张增加了丛枝菌根真菌丰度。由于毛竹在地下部分生长投入更多,其庞大的细根生物量反过来又可以促进毛竹中菌根共生。因此,毛竹林和混交林的丛枝菌根真菌丰度显著高于日本柳杉纯林,高丰度丛枝菌根真菌反过来通过促进营养吸收和耐受性来增强毛竹竞争力,从而加速毛竹扩张[34]。
氮素转化的生理群包括氨氧化古菌、氨氧化细菌和反硝化细菌等。氨氧化古菌和氨氧化细菌通过影响氨氧化过程影响土壤N2O的产生[58]。毛竹扩张过程中NH4 +-N和pH的升高导致了氨氧化古菌丰度下降[25, 59],而氨氧化细菌丰度因入侵情况及地理位置不同而呈现出上升或下降的差异[60−61]。在土壤氮转化过程中,亚硝酸还原酶基因和N2O还原酶基因丰度影响土壤反硝化过程,从而影响N2O排放,pH升高会导致亚硝酸还原酶基因和N2O还原酶基因丰度增加,进而影响N2O排放[60, 62]。CAO等[63]通过研究毛竹集约化经营发现:经营年限的增加会改变硝化和反硝化作用基因的丰度、多样性和群落组成,其中氨氧化古菌中的氨单加氧酶以及亚硝酸还原酶基因丰度显著增加,而亚硝酸还原酶基因丰度显著下降,从而会导致N2O排放增加。此外,出笋期人为挖笋等活动会对土壤产生扰动,对微生物群落产生影响。大量研究表明:土壤微生物与土壤有机质呈现相同的变化趋势,说明土壤碳的活性和有效性对毛竹扩张中的影响更为重要[64]。磷脂脂肪酸测定[5] 表明:毛竹-日本柳杉混交林内革兰氏阳性菌(G+)和革兰氏阴性菌(G−)的生物量低于日本柳杉纯林和毛竹纯林,G+主要影响硝化作用,而G−则主要影响反硝化作用,因此减缓了硝化作用和反硝化作用,降低了N2O排放。
凋落物是土壤有机质的重要来源,凋落物输入通过改变土壤有效态养分影响土壤微生物群落结构[65]。植被类型在土壤微生物群落结构中发挥着重要作用[66−67]。毛竹向周围林分的扩张将减少物种多样性、改变植被类型[68]。土壤微生物是森林生态系统的重要组成部分,在土壤有机质的矿化和营养循环中发挥着重要作用[69],土壤微生物活动通过影响土壤硝化和反硝化作用影响N2O排放[70−71]。土壤微生物群落结构可能会随入侵植物发生改变[72],真菌和细菌是土壤微生物群落的组成部分,其丰度和多样性直接影响土壤特性和环境因素[73],对能量转换和物质循环具有重要意义[74]。不同的环境条件和植被类型可以改变土壤微生物群落的结构和功能[75−76]。WANG等[76]研究发现:毛竹向原生林分扩张可能改变土壤环境和凋落物化学成分从而影响细菌生物量。
植被类型的变化会改变土壤微生物群落。在不同的林分类型中,毛竹扩张带来的影响有所不同,毛竹向针叶林扩张的过程中增加了土壤微生物群落多样性[22],而在毛竹向阔叶林扩张的过程中情况有所不同,既存在逐渐减少的趋势[77],也存在不断增加的趋势[64, 78]。目前的研究中,不同地区以及不同森林群落环境,毛竹扩张及对原有林分所产生的影响有所不同。不同的林分类型中土壤结构及林分内凋落物类型等均有所不同[64],针叶林较阔叶林具有较多的木质素、单宁等更难分解的物质[5]。毛竹扩张也与植物生物量的输入和输出有关,从而影响土壤微生物群落的组成[79]。
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综上所述,毛竹扩张导致土壤结构发生改变,土壤pH上升,土壤微生物群落结构发生改变,进而影响土壤CO2和N2O排放。扩张林分内丛枝菌根真菌群落丰度更高,加速毛竹生长,促进根系呼吸产生更多的CO2,且毛竹扩张改变了林分内凋落物类型,加速土壤碳、氮循环,为异养微生物呼吸提供有机质,促进CO2排放。扩张林分内氮矿化速率加快,为氨氧化古菌、氨氧化细菌等菌群提供碳源,提高反硝化作用速率,增加N2O排放,但毛竹的化感作用会产生部分杀菌物质,对氮转化过程中部分关键酶的活性具有抑制作用从而抑制N2O的产生。
在“碳达峰,碳中和”目标下,毛竹林面积增加有利于林业固碳。如何通过合理的管理措施,挖掘温室气体减排增汇潜力,值得深入研究。未来需要进一步提高毛竹林管理水平,保障毛竹林碳汇功能,实现持续固碳,并通过优化林分结构,营造疏密适宜的毛竹林,加强毛竹碳汇功能监测与评估,在降低毛竹扩张生态学负效应的前提下逐步提升毛竹林碳库,助力“双碳”战略实施。
Response of soil CO2 and N2O emissions to Phyllostachys edulis expansion and its mechanism
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摘要: 在全球变化背景下,森林土壤温室气体减排增汇研究,尤其是毛竹Phyllostachys edulis扩张林土壤温室气体排放响应研究日益增多。综述了毛竹扩张林土壤温室气体响应及其机制。毛竹依靠其强大的竹鞭迅速生长,不断向周围林分扩张,短期内即可完成生长。由于其特殊的繁殖方式及强大的扩张能力,许多邻近原生林被毛竹扩张形成混交林,逐渐演变为毛竹纯林。毛竹扩张对原生生态系统影响不断加剧,改变了生态系统物质循环过程,导致土壤碳氮输入和转化失衡,进而影响温室气体排放。氧化亚氮(N2O)和二氧化碳(CO2)是2种重要的温室气体,土壤是与CO2及N2O排放相关的重要碳氮库,土壤理化性质、凋落物分解及土壤微生物群落结构等共同决定土壤温室气体排放。近年来,毛竹扩张面积不断增大,导致扩张区域内土壤环境不断发生改变, 在一定程度上影响了N2O和CO2排放。毛竹扩张后土壤pH升高,凋落物分解速率加快,土壤碳氮增加。毛竹扩张对土壤CO2排放具有促进作用,扩张林土壤丛枝菌根真菌丰度增加,且通过调节氨氧化古菌、亚硝酸还原酶基因和 N2O还原酶基因等N2O相关功能基因丰度影响硝化与反硝化作用,从而进一步影响土壤N2O排放。未来的研究应进一步探究其内在机制,为扩张毛竹林科学管理和温室气体减排提供理论支持。参79Abstract: In the context of global change, research on greenhouse gas emission and sink in forest soil, especially on the response of soil greenhouse gas emission in Phyllostachys edulis expansion forests, is increasing. This paper reviews the soil greenhouse gas response and mechanism in P. edulis expansion forest. P. edulis relies on its powerful bamboo whips to grow rapidly and continuously expand into the surrounding stands, completing its growth within a short time. Due to its unique reproductive mode and strong expansion ability, many adjacent native forests are invaded by P. edulis expansion to form mixed forests, which gradually evolve into pure P. edulis forests. The expansion of P. edulis has an increasing impact on the native ecosystem, changing the material cycling process of the ecosystem, leading to an imbalance in soil carbon and nitrogen input and transformation, and thus affecting greenhouse gas emissions. Nitrous oxide (N2O) and carbon dioxide (CO2) are two important greenhouse gases. Soil is an important carbon and nitrogen pool related to CO2 and N2O emissions. Soil physiochemical properties, litter decomposition and soil microbial community structure jointly determine soil greenhouse gas emissions. In recent years, the expansion area of P. edulis has been increasing, resulting in continuous changes in the soil environment in the expansion area, which has affected N2O and CO2 emissions to a certain extent. The results showed that after P. edulis expansion, soil pH increased, litter decomposition rate accelerated, and soil carbon and nitrogen increased. P. edulis expansion promoted soil CO2 emission, increased the abundance of soil arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) in the expanded forest and affected nitrification and denitrification by regulating the abundance of N2O related functional genes such as amoA in ammonia-oxidizing archaea (AOA), nitrite reductase gene (nirK) and nitrous oxide reductase gene (nosZ), thereby further affecting soil N2O emissions. Future research should further explore its internal mechanism to provide theoretical support for the scientific management of P. edulis expansion forest and greenhouse gas emission reduction. [Ch, 79 ref.]
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Key words:
- Phyllostachys edulis expansion /
- plant invasion /
- soil greenhouse gas /
- review
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金线莲Anoectochilus roxburghii为兰科Orchidaceae开唇兰属Anoectochilus多年生草本植物,别名金线草、金线兰等,主要分布在中国福建、浙江、云南和台湾等地区。金线莲因含有黄酮类、多糖类、生物碱类等成分[1],其药用价值日益被重视。由于金线莲对生长环境要求严格,且野生资源被过度采摘,导致金线莲已濒临灭绝[2],因此有必要开展金线莲资源的保护。种质资源收集和遗传多样性评估是金线莲资源保护的基础研究工作。分子标记可以在DNA水平上揭示植物的遗传变异,是一种稳定可靠的遗传分析方法[3]。简单重复序列间扩增多态性(inter-simple sequence repeat,ISSR)和序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)主要针对非特异性序列进行扩增,对于基因组序列信息匮乏的物种较为有效[4]。目前,分别利用ISSR、SRAP等单一分子标记对金线莲遗传多样性的评价[5-11]已取得了一定的进展,但单一的分子标记技术经常受到扩增区域限制、引物扩增能力差异、模糊显性标记主观计入等因素影响,不能完全评价生物遗传多样性[12-13],而综合运用多种分子标记,能最大程度优化聚类分析结果[14-15]。目前,结合ISSR与SRAP分子标记技术已经应用于薄荷Mentha haplocalyx[12]、烟草 Nicotiana tabacum[16-17]、韭菜Allium tuberosum [18]、栀子Gardenia jasminoides [19]等研究。本研究采用ISSR与SRAP相结合的方法对浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲样品进行研究,揭示金线莲个体间与种源间的遗传分化,为金线莲资源的保护和利用提供参考。
1. 材料与方法
1.1 材料
48份金线莲新鲜叶片样品详见表1。
表 1 金线莲供试样品信息Table 1 Tested samples of A. roxburghii编号 样品 来源地 编号 样品 来源地 编号 样品 来源地 1 健君1号 浙江温州 17 尖叶自交辐射选育种 福建福州 33 福建网纹种 福建厦门 2 健君2号 浙江温州 18 红霞变异种 福建厦门 34 福建无网纹种 福建厦门 3 金康1号 浙江金华 19 小叶金线莲 福建福州 35 大福星 福建厦门 4 大圆叶 福建厦门 20 温州文成野生种 浙江温州 36 大圆宝 福建厦门 5 健君1号原种 浙江温州 21 尖叶金线莲 福建泉州 37 红霞 福建厦门 6 戴云山野生种 福建泉州 22 大叶金线莲 福建三明 38 健君1号 浙江温州 7 福建永春黄带种 福建泉州 23 云南金线莲 云南昆明 39 尖叶金线莲 福建三明 8 台湾金线莲 台湾高雄 24 野生无纹 福建厦门 40 庆元无网纹 浙江庆元 9 台湾金线莲 台湾高雄 25 尖叶红杆种 福建福州 41 福建金草繁育种 福建厦门 10 无纹(G) 福建三明 26 尖叶变异筛选种 福建福州 42 小圆叶 福建三明 11 福建金线莲 福建福州 27 尖叶变异筛选种 福建福州 43 银圆宝 台湾高雄 12 大叶(H) 福建三明 28 大叶金线莲 福建三明 44 尖叶自交选育种 福建福州 13 野生种子繁育种 福建三明 29 野生种子繁育种 福建三明 45 尖叶杂交种 福建福州 14 林下尖叶(台州) 浙江台州 30 福建本地银线莲 福建厦门 46 大叶红霞 福建三明 15 林下沙畈本地无纹 浙江金华 31 福建小圆叶 福建厦门 47 尖叶变异筛选种 福建福州 16 野生金线莲 江西萍乡 32 金华本地种 浙江金华 48 无纹金线莲 福建三明 1.2 方法
1.2.1 基因组DNA的提取与检测
参照DNA提取试剂盒说明书提取金线莲的DNA,得到的DNA用50 μL双蒸水(ddH2O)溶解。以ddH2O为对照,使用超微量分光光度计检测DNA溶解液的浓度以及纯度。
1.2.2 金线莲ISSR引物筛选及检测
采用哥伦比亚大学公布的第9套100个ISSR通用引物序列,由北京擎科生物科技有限公司合成。使用3个已提取的DNA对100个ISSR引物进行筛选,反应体系总体积为20 μL,其中2×Taq Plus MasterMix 10 μL、ddH2O 8 μL、ISSR引物 1 μL、DNA溶解液1 μL,PCR扩增程序为98 ℃预变性30 s;94 ℃变性10 s,退火(不同引物退火温度不同) 15 s,72 ℃延伸15 s,循环35次;最后72 ℃延伸1 min,4 ℃保存。对产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,挑选出多态性好、扩增条带清晰的引物对48个DNA样品进行扩增。
1.2.3 金线莲SRAP引物筛选及检测
参照FERRIOL等[20]的设计原理建立SRAP标记分析体系,由北京擎科生物科技有限公司合成,包含14条上游引物(Me1~Me14)和17条下游引物(Em1~Em17),上下游引物可随机组成238对SRAP引物组合。使用2个已提取的DNA对238对SRAP引物组合进行筛选,PCR体系及扩增程序同上。将挑选出的多态性好、扩增条带清晰的引物对48个DNA样品进行扩增。
1.2.4 数据统计及分析
对PCR扩增产物电泳胶图进行人工读带,对扩增条带按有(1)或无(0)进行统计,形成“0, 1”数据矩阵,分别得到ISSR、SRAP及两者综合的数据。利用Excel统计每个(对)引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态位点百分率(PPB)。使用POPGENE 32.0软件计算等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s多态性信息指数(I)、居群总基因多样性(Ht)、居群内基因多样性(Hs)、基因分化系数(Gst=1−Hs/Ht)和基因流(Nm)等遗传多样性相关参数,并计算不同种源间的遗传距离和遗传一致度,使用OmicStudio工具对遗传距离进行主坐标分析(PCoA),使用NTSYS-PC 2.1软件对所采集的金线莲样品进行聚类分析并绘制非加权组平均法(UPGMA)树状图。
2. 结果与分析
2.1 引物筛选及扩增多态性
2.1.1 ISSR引物的筛选及其扩增多态性
经过2次筛选,共获得11条条带较为清楚的引物(表2)。11条引物共扩增出86条条带,其中多态性条带有84条,PPB平均值为97.67%,平均扩增条带数是7.82个,平均多态性条带数为7.64个。扩增条带数最多的引物是UBC880 (13条),其次是UBC861 (12条),扩增条带最少的是UBC810 (4条)。PPB为83.33%~100%,其中,UBC807、UBC810、UBC826、UBC834、UBC841、UBC842、UBC865、UBC68和UBC861的PPB为100%,均表现出极高的多态性,占总引物的81.82%;UBC856的PPB最低,为83.33%。
表 2 ISSR引物信息及扩增结果Table 2 ISSR primer information and amplification results编号 ISSR引物 序列
(5′→3′)扩增条
带数多态性
条带数PPB/% 1 UBC807 (AG)8T 6 6 100 2 UBC810 (GA)8T 4 4 100 3 UBC826 (AC)8C 6 6 100 4 UBC834 (AG)8YT 8 8 100 5 UBC841 (GA)8YC 10 10 100 6 UBC842 (GA)8YG 8 8 100 7 UBC856 (AC)8YA 6 5 83.33 8 UBC865 (CCG)6 6 6 100 9 UBC868 (GAA)6 7 7 100 10 UBC880 (GGAGA)3 13 12 92.30 11 UBC861 (ACC)6 12 12 100 平均 7.82 7.64 97.67 合计 86 84 说明:Y=(C, T);PPB为多态位点百分率 2.1.2 SRAP引物的筛选及其扩增多态性
经过2次筛选,共获得11对条带较为清楚的引物组合(表3)。11对引物共扩增出88条条带,其中多态性条带有86条,PPB平均值为97.73%,平均扩增条带数是8个,平均多态性条带数为7.82个。扩增条带数最多的引物组合是Me11-Em4 (12条);其次是组合Me4-Em13、Me2-Em14和Me13-Em10,扩增出9条条带;扩增条带最少的是Me13-Em16组合,只扩增出6条条带。PPB为88.89%~100%,其中,Me11-Em4、Me8-Em7、Me13-Em7、Me13-Em16、Me4-Em14、Me5-Em11、Me13-Em10、Me14-Em14和Me3-Em2组合的PPB为100%,均表现出极高的多态性,占总引物的81.82%;Me4-Em13和Me2-Em14组合的PPB最低,为88.89%。
表 3 SRAP引物信息及扩增结果Table 3 SRAP primer information and amplification results编号 SRAP引物 正向引物
(5′→3′)反向引物
(5′→3′)扩增条
带数多态性
条带数PPB/% 1 Me11-Em4 BACG DTGA 12 12 100 2 Me8-Em7 BTGC DCAA 7 7 100 3 Me13-Em7 BAAC DCAA 8 8 100 4 Me4-Em13 BACC DCTA 9 8 88.89 5 Me13-Em16 BAAC DGAT 6 6 100 6 Me2-Em14 BAGC DCTC 9 8 88.89 7 Me4-Em14 BACC DCTC 7 7 100 8 Me5-Em11 BAAG DCAC 7 7 100 9 Me13-Em10 BAAC DCAG 9 9 100 10 Me14-Em14 BTCC DCTC 7 7 100 11 Me3-Em2 BAAT DTGC 7 7 100 平均 8 7.82 97.73 合计 88 86 说明:B=TGAGTCCAAACCGG;D=GACTGCGTACGAATT;PPB为多态位点百分率 2.2 遗传距离和遗传一致度分析
ISSR研究中遗传一致度为0.4767~0.9070,遗传距离为0.0976~0.7408。其中,遗传一致度最高的1号与2号、3号与17号、14号与17号,均为0.9070,它们的遗传距离最小,均为0.0976,说明其亲缘关系较近;遗传一致度最低的是7号与22号,为0.4767,其遗传距离最大,为0.7408,说明其亲缘关系较远。在SRAP研究中遗传一致度为0.4659~0.9545,遗传距离为0.0465~0.7638。其中,遗传距离最小的是36号与37号,遗传距离最大的是10号与39号。综合ISSR和SRAP的数据后,遗传一致度为0.5115~0.8793,遗传距离为0.1286~0.6704。其中,遗传距离最小的是34号与37号,遗传距离最大的是10号与39号。
将48份样品按照产地来源分为5个群体(浙江、福建、台湾、江西和云南),利用POPGENE 32软件对其遗传距离和遗传一致度进行计算,结果如表4所示。使用OmicStudio工具将ISSR+SRAP的标记结果进行PCoA分析,结果如图1所示:由于来自台湾(3个)、江西(1个)和云南(1个)的样品数目较少,故不作分析。结合表4与图1可知:浙江省与福建省金线莲种质混杂。
表 4 金线莲群体间的遗传一致度与遗传距离Table 4 Genetic agreement and genetic distance among A. roxburghii populations分子标记 产地 浙江 福建 台湾 江西 云南 ISSR 浙江 0.9577 0.8842 0.8416 0.7285 福建 0.0433 0.8916 0.7792 0.7336 台湾 0.1231 0.1148 0.7310 0.6552 江西 0.1724 0.2495 0.3133 0.5814 云南 0.3168 0.3098 0.4228 0.5423 SRAP 浙江 0.9853 0.9480 0.7960 0.8351 福建 0.0148 0.9531 0.7880 0.8233 台湾 0.0534 0.0480 0.7796 0.7978 江西 0.2282 0.2383 0.2490 0.6250 云南 0.1802 0.1945 0.2259 0.4700 ISSR+SRAP 浙江 0.9712 0.9160 0.8187 0.7818 福建 0.0292 0.9229 0.7835 0.7798 台湾 0.0878 0.0802 0.7555 0.7270 江西 0.2000 0.2439 0.2804 0.6034 云南 0.2462 0.2487 0.3188 0.5051 说明:对角线下方为Nei’s遗传距离,对角线上方为Nei’s遗传一致度 2.3 遗传多样性分析
分析浙江与福建种源的样品,结果如表5所示:ISSR分析显示,43个种源在物种水平上,Na为1.9651,Ne为1.4403,H为0.2727,I为0.4247,PPB为96.51%;在群体水平上,Na为1.7093~1.9302,Ne为1.3409~1.4325,H为0.2075~0.2668,I为0.3207~0.4147,PPB为70.93%~93.02%,相对于物种水平而言,群体间的遗传多样性水平较低。SRAP结果与ISSR结果相似。结合ISSR与SRAP的数据分析:43个种源在物种水平上,Na为1.9713,Ne为1.3797,H为0.2429,I为0.3873,PPB为97.13%;在群体水平上,Na为1.7816~1.9425,平均值为1.8621;Ne为1.3578~1.3607,平均值为1.3593;H为0.2239~0.2288,平均值为0.2264;I为0.3488~0.3664,平均值为0.3576;PPB为78.16%~94.25%,平均值为86.21%,也是群体间的遗传多样性水平更低。其中,从ISSR、SRAP及综合研究结果来看,Na、Ne、H、I及PPB中基本上是福建省大于浙江省,说明福建省的金线莲种群遗传多样性更高。
表 5 金线莲遗传多样性参数Table 5 Genetic diversity parameters of A. roxburghii分子标记 产地 等位基
因数 (Na)有效等位
基因数 (Ne)Nei’s基因多样
性指数 (H)Shannon’s多态性
信息指数 (I)多态位点百
分率 (PPB)/%ISSR 浙江 1.709 3 1.340 9 0.207 5 0.320 7 70.93 福建 1.930 2 1.432 5 0.266 8 0.414 7 93.02 群体水平 1.819 8 1.386 7 0.237 2 0.367 7 81.98 物种水平 1.965 1 1.440 3 0.272 7 0.424 7 96.51 SRAP 浙江 1.852 3 1.380 0 0.239 9 0.376 3 85.23 福建 1.954 5 1.284 8 0.191 6 0.319 1 95.45 群体水平 1.903 4 1.332 4 0.215 8 0.347 7 90.34 物种水平 1.977 3 1.320 6 0.213 8 0.350 8 97.73 ISSR+SRAP 浙江 1.781 6 1.360 7 0.223 9 0.348 8 78.16 福建 1.942 5 1.357 8 0.228 8 0.366 4 94.25 群体水平 1.862 1 1.359 3 0.226 4 0.357 6 86.21 物种水平 1.971 3 1.379 7 0.242 9 0.387 3 97.13 2.4 UPGMA聚类分析
2.4.1 基于ISSR标记的聚类
由图2可见:48份金线莲样品的遗传相似性系数为0.62~0.91,变幅为0.29。在遗传相似系数为0.67处,48份金线莲样品被划分为3类:在Ⅰ类中地理位置相同的主要有浙江温州的1、2、5、38号以及福建福州的17、25、26、27、44、45号,两地间亲缘关系相对较近;而Ⅱ类与Ⅲ类中样品的来源组成均较为分散,无明显特征。
2.4.2 基于SRAP标记的聚类
图3显示:48份金线莲样品的遗传相似性系数为0.62~0.95,变幅为0.33。在遗传相似系数为0.65处,48份金线莲样品被划分为2类,Ⅰ类中1、5、38号均来自浙江温州,且品种相似,故聚为一类;而在Ⅱ类中,各个品种难以明显划分出小类,这也是各地种质较为混乱所带来的结果。与ISSR标记相比,SRAP标记更难划分类别。
2.4.3 基于ISSR+SRAP标记聚类
图4显示:48份金线莲样品的遗传相似性系数为0.64~0.88,变幅为0.24。在遗传相似系数为0.68处,48份金线莲样品被划分为4类,Ⅰ类中地理位置相同的主要有浙江温州的1、2、5、38号以及台湾高雄的8、9号,两地间可能品种相互引种;Ⅱ类中主要为来自福建福州的样品,包括17、25、26、27、44、45号;Ⅲ类中地理位置相同的主要有福建厦门的4、18、24、31、33、34、36、37号以及福建三明的12、13、22、28、29、48号,两地间品种互引的可能性较大。2种分子标记结合的方法更易体现样品间亲缘关系、划分类别,更清楚地体现地理位置对亲缘关系的影响。
3. 讨论与结论
本研究利用ISSR与SRAP对48份不同来源金线莲样品进行遗传特性分析,共筛选获得11条ISSR引物,扩增86条条带,其中多态性条带84条,PPB为97.67%;筛选出的11对SRAP引物共扩增出了88条条带,多态性条带86条,PPB为97.73%。说明供试金线莲样本具有丰富的遗传多样性,且相较于王剑锴等[10]筛选出的用于检测金线莲资源遗传特性的RAPD分子标记,ISSR与SRAP的标记多态性明显增多,进一步验证了ISSR与SRAP在金线莲种源多态性检测方面的高效率。
基于ISSR与SRAP分子标记对金线莲样品的遗传距离与遗传一致度分析发现:遗传距离最小的是34号(福建厦门福建无网纹种)与37号(福建厦门红霞),其亲缘关系较近;遗传距离最大的是10号(福建三明的无纹G)与39号(福建三明的尖叶),其亲缘关系较远。从遗传多样性分析结果来看,来自福建的金线莲遗传多样性更高,同时结合金线莲群体间的遗传一致度与遗传距离结果以及PCoA分析,可以看出各地间金线莲种质资源十分混杂,其中包含了大量的野生种、半野生种和人工驯化的栽培种及杂交种,这种复杂性导致不同种源间的差异性明显,金线莲种质的遗传多样性增加。浙江省市场内流通的栽培种多为省外引入种[21-22],各种质遗传交流频繁,这有利于培育出较优的金线莲品种。
本研究单独使用ISSR或SRAP的UPGMA聚类结果中,均出现各地间种源相互混杂的状况,并未严格按照地理距离的差异进行归类,而2种分子标记结合的聚类结果中,金线莲种质资源的聚类与不同地理位置分布的情况有比较高的一致度,表现出了一定地域性分布规律,说明2种分子标记方法结合相较于单一的分子标记方法能更准确地体现不同地区金线莲的差异性。由于2种分子标记所检测的基因座位以及所用的引物等因素存在差异,故两者得到的遗传距离不同,其聚类图也存在差异[23],且每种分子标记方法均有其优势与不足,结合多种标记技术则能更全面、准确地揭示种质遗传特性。因此,本研究结合ISSR与SRAP能更准确地揭示金线莲资源的遗传多样性和亲缘关系,为金线莲良种培育以及野生金线莲资源保护等方面提供了帮助。此外物种的遗传特性容易受到生态环境、繁殖方式以及各种人为活动的影响,野生金线莲经过长期的自然选择,其遗传背景较为复杂;人工栽培种种源多来自于野生金线莲,品种混杂。同时金线莲在野外萌发所需的自然条件苛刻,加之生境的易碎性对其生存产生很大压力[24],因此金线莲的遗传多样性受到生态环境极大的影响,所以有必要保护当地的生态环境以维护金线莲物种多样性。
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