倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性

许在恩; 俞瑜; 李兵娟; 陈虹君; 郭小勤

doi:10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

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倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性

许在恩 , 俞瑜 , 李兵娟 , 陈虹君 , 郭小勤

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许在恩, 俞瑜, 李兵娟, 陈虹君, 郭小勤. 倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性[J]. 浙江农林大学学报, 2016, 33(1): 80-87. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

引用本文:

XU Zaien, YU Yu, LI Bingjuan, CHEN Hongjun, GUO Xiaoqin. Single nucleotide polymorphism of non-ε 14-3-3 genes in Shibataeeae[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2016, 33(1): 80-87. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

Citation:

XU Zaien, YU Yu, LI Bingjuan, CHEN Hongjun, GUO Xiaoqin. Single nucleotide polymorphism of non-ε 14-3-3 genes in Shibataeeae[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2016, 33(1): 80-87. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

1.
浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江临安 311300

基金项目:

国家自然科学基金资助项目（30901155）; 浙江省自然科学基金资助项目（Y307499）

详细信息

作者简介: 许在恩，从事植物分子生物学研究。

通信作者: 郭小勤，副教授，博士，从事植物生物技术研究。

中图分类号: S795；Q75

Single nucleotide polymorphism of non-ε 14-3-3 genes in Shibataeeae

1.
The Nurturing Station for the State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an 311300, Zhejiang, China

Funds:

国家自然科学基金资助项目（30901155）; 浙江省自然科学基金资助项目（Y307499）

摘要: 为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性，分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b，14-3-3c，14-3-3e，14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子，编码序列（CDS）大小为771~789 bp。14-3-3b，14-3-3c，14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21，19，26和17个单核苷酸多态性（SNP）位点，SNP频率分别为1SNP/38 bp，1SNP/41 bp，1SNP/30 bp，1SNP/46 bp，基因核苷酸多样性（）值分别为0.012 17，0.011 83，0.015 21，0.010 38。同一基因在不同竹种间氨基酸序列一致性均达99%以上，毛竹Phyllostachys edulis Pe14-3-3b，Pe14-3-3c，Pe14-3-3e，Pe14-3-3f蛋白的理化性质非常相似，均为亲水性蛋白，含量较多的是丙氨酸（ala），谷氨酸（glu），亮氨酸（leu），等电点为4.75~4.90，这4个蛋白的二级结构也非常相似，-螺旋结构含量最高，无规则卷曲其次，-转角和延伸链很少。上述研究为进一步探索竹类植物14-3-3生物学功能奠定基础。图3表3参27
- 分子遗传学 /
- 倭竹族 /
- 竹类植物 /
- 14-3-3基因家族 /
- 单核苷酸多态性
Abstract: To study the structure and single nucleotide polymorphism （SNP） of non- 14-3-3 in Shibataeeae, homologue genes from five bamboo species, Hibanobambusa tranquillans, Indosasa shibataeaoides, Phyllostachys edulis, Shibataea chinensis, and Sinobambusa tootsik were cloned with gDNA and cDNA sequences being compared. Results showed five exons and four introns with CDS sequence lengths （in bp） of 789, 771, 789, and 786, respectively. There were 21, 19, 26, and 17 SNP sites in 14-3-3b, 14-3-3c, 14-3-3e, and 14-3-3f coding regions, with SNP frequencies （in bp） of 1SNP/38, 1SNP/41, 1SNP/30, and 1SNP/46, respectively. Nucleotide diversity （） for SNPs was 0.015 21, 0.012 17, 0.010 98, and 0.009 16, in that order. The amino acid sequence identity for these same genes in different species was 99%. Four 14-3-3 putative proteins were hydrophilic, and their isoelectric point was distributed from 4.75 to 4.90 with the amino acids Ala, Ser, and Gly being abundant. Also, -helixs and random coils in these proteins were the most plentiful; whereas, -turns and extended strands were few. These results lay a foundation for deeper studies with biological functions of 14-3-3 in bamboo. ［Ch, 3 fig. 3 tab. 27 ref.］
- molecular genetics /
- Shibataeeae /
- bamboo /
- 14-3-3 gene family /
- single nucleotide polymorphism （SNP）

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链接本文:
https://zlxb.zafu.edu.cn/article/doi/10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

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倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2016.01.011

1. 浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江临安 311300

基金项目:

国家自然科学基金资助项目（30901155）; 浙江省自然科学基金资助项目（Y307499）

作者简介:
许在恩，从事植物分子生物学研究。

通信作者: 郭小勤，副教授，博士，从事植物生物技术研究。

收稿日期: 2015-03-04
修回日期: 2015-04-02
刊出日期: 2016-02-20

中图分类号: S795；Q75

关键词:

摘要: 为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性，分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b，14-3-3c，14-3-3e，14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子，编码序列（CDS）大小为771~789 bp。14-3-3b，14-3-3c，14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21，19，26和17个单核苷酸多态性（SNP）位点，SNP频率分别为1SNP/38 bp，1SNP/41 bp，1SNP/30 bp，1SNP/46 bp，基因核苷酸多样性（）值分别为0.012 17，0.011 83，0.015 21，0.010 38。同一基因在不同竹种间氨基酸序列一致性均达99%以上，毛竹Phyllostachys edulis Pe14-3-3b，Pe14-3-3c，Pe14-3-3e，Pe14-3-3f蛋白的理化性质非常相似，均为亲水性蛋白，含量较多的是丙氨酸（ala），谷氨酸（glu），亮氨酸（leu），等电点为4.75~4.90，这4个蛋白的二级结构也非常相似，-螺旋结构含量最高，无规则卷曲其次，-转角和延伸链很少。上述研究为进一步探索竹类植物14-3-3生物学功能奠定基础。图3表3参27

English Abstract

Single nucleotide polymorphism of non-ε 14-3-3 genes in Shibataeeae

1. The Nurturing Station for the State Key Laboratory of Subtropical Silviculture, Zhejiang A & F University, Lin’an 311300, Zhejiang, China

Funds:

国家自然科学基金资助项目（30901155）; 浙江省自然科学基金资助项目（Y307499）

Received Date: 2015-03-04
Rev Recd Date: 2015-04-02
Publish Date: 2016-02-20

Keywords:

Abstract: To study the structure and single nucleotide polymorphism （SNP） of non- 14-3-3 in Shibataeeae, homologue genes from five bamboo species, Hibanobambusa tranquillans, Indosasa shibataeaoides, Phyllostachys edulis, Shibataea chinensis, and Sinobambusa tootsik were cloned with gDNA and cDNA sequences being compared. Results showed five exons and four introns with CDS sequence lengths （in bp） of 789, 771, 789, and 786, respectively. There were 21, 19, 26, and 17 SNP sites in 14-3-3b, 14-3-3c, 14-3-3e, and 14-3-3f coding regions, with SNP frequencies （in bp） of 1SNP/38, 1SNP/41, 1SNP/30, and 1SNP/46, respectively. Nucleotide diversity （） for SNPs was 0.015 21, 0.012 17, 0.010 98, and 0.009 16, in that order. The amino acid sequence identity for these same genes in different species was 99%. Four 14-3-3 putative proteins were hydrophilic, and their isoelectric point was distributed from 4.75 to 4.90 with the amino acids Ala, Ser, and Gly being abundant. Also, -helixs and random coils in these proteins were the most plentiful; whereas, -turns and extended strands were few. These results lay a foundation for deeper studies with biological functions of 14-3-3 in bamboo. ［Ch, 3 fig. 3 tab. 27 ref.］

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