数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法

吴家胜 , 汪旭升

文章导航 > 浙江农林大学学报 > 2008 > 25(1): 104-108

吴家胜, 汪旭升. 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法[J]. 浙江农林大学学报, 2008, 25(1): 104-108.

引用本文:

吴家胜, 汪旭升. 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法[J]. 浙江农林大学学报, 2008, 25(1): 104-108.

WU Jia-sheng, WANG Xu-sheng. Methods of bioinformatic analysis for candidate genes underlying quantitative trait loci(QTLs)[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2008, 25(1): 104-108.

Citation:

WU Jia-sheng, WANG Xu-sheng. Methods of bioinformatic analysis for candidate genes underlying quantitative trait loci(QTLs)[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2008, 25(1): 104-108.

数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法

吴家胜¹,
汪旭升²

1.
浙江林学院林业与生物技术学院, 浙江临安 311300;
2.
浙江大学生物信息学研究所, 浙江杭州 310029

基金项目:

国家自然科学基金资助项目(30671704)

作者简介: 吴家胜,副教授,博士,从事森林培育和数量遗传学研究。E-mail:wujs@zjfc.edu.cn

中图分类号: S718.46;Q343.1

Methods of bioinformatic analysis for candidate genes underlying quantitative trait loci(QTLs)

WU Jia-sheng¹,
WANG Xu-sheng²

1.
School of Forestry and Biotechnology, Zhejiang Forestry College, Lin'an 311300, Zhejiang, China;
2.
Bioinformatics Institute, Zhejiang University, Hangzhou 310029, Zhejiang, China

摘要: 几乎所有的农作物都开展了QTL (quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。
- 遗传学 /
- 数量性状位点 /
- 候选基因 /
- 生物信息学 /
- 综述
Abstract: Almost all crops have been studied on QTL(quantitative trait loci) mapping with many QTL mapping methods, such as IM(interval mapping), CIM(composite interval mapping), MCIM(mixed-model based composite interval mapping) and Bayesian QTL mapping having been developed. However, these methods have had shortcomings, namey, the genomic region of the QTL detected, within which there were probably hundreds of candidate genes was still too large. In this paper, a better understanding of the molecular functions of QTLs was obtained by first briefly reviewing methods of analyzing the candidate gene within QTL intervals based on bioinformatics. Then, in order to provide a new analytical method for better use of QTLs in the future, the genetics, genome organization, gene expression and function of candidate genes located on QTL region were analyzed.
- genetics /
- QTL(quantitative trait loci) /
- candidate gene /
- bioinformatics /
- review

[1]	刘俊, 李龙, 陈玉龙, 刘燕, 吴耀松, 任闪闪. 杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析 . 浙江农林大学学报, 2022, 39(3): 475-485. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20210385
[2]	童亮, 李平衡, 周国模, 周宇峰, 李翀. 竹林鞭根系统研究综述 . 浙江农林大学学报, 2019, 36(1): 183-192. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.01.023
[3]	蒋政勤, 周明兵, 郑浩, 季航, 徐芷馨. 毛竹Phyllostachys edulis retrotransposon 7（PHRE7）转座子的克隆与鉴定 . 浙江农林大学学报, 2019, 36(5): 917-927. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2019.05.010
[4]	张洁, 尹德洁, 关海燕, 屈琦琦, 董丽. 景天属植物研究综述 . 浙江农林大学学报, 2018, 35(6): 1166-1176. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2018.06.022
[5]	毛玮, 曹跃芬. 棉纤维发育的遗传特性及相关基因的研究进展 . 浙江农林大学学报, 2018, 35(6): 1155-1165. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2018.06.021
[6]	刘艳艳, 朱芳明, 刘小珍, 张汉尧. 兔眼蓝莓组培红色突变株CHS基因的克隆与分析 . 浙江农林大学学报, 2017, 34(5): 864-870. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2017.05.013
[7]	吴雪, 杜长霞, 杨冰冰, 樊怀福. 植物水通道蛋白研究综述 . 浙江农林大学学报, 2015, 32(5): 789-796. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2015.05.020
[8]	叶莉莎, 陈双林, 郭子武. 竹林氮素循环与管理研究综述 . 浙江农林大学学报, 2015, 32(4): 635-642. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2015.04.021
[9]	张涛, 李永夫, 姜培坤, 周国模, 刘娟. 土地利用变化影响土壤碳库特征与土壤呼吸研究综述 . 浙江农林大学学报, 2013, 30(3): 428-437. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2013.03.021
[10]	伏建国, 刘金良, 杨晓军, 安榆林, 骆嘉言. 分子生物学技术应用于木材识别的研究进展 . 浙江农林大学学报, 2013, 30(3): 438-443. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2013.03.022
[11]	程建中, 杨萍, 桂仁意. 植物硒形态分析的研究综述 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(2): 288-395. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.02.020
[12]	许晨璐, 张守攻, 孙晓梅. 针叶树基因组资源及其在遗传育种中的作用 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(5): 768-777. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.05.021
[13]	何勇清, 方佳, 余敏芬, 方仲相, 江波, 潘寅辉, 郑炳松. 植物质膜内在水通道蛋白PIPs的分子生物学研究进展 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(3): 446-452. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.03.020
[14]	马进, 刘志高, 郑钢. 差异蛋白质组学及其在植物盐胁迫响应研究中的应用 . 浙江农林大学学报, 2011, 28(1): 139-143. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2011.01.022
[15]	张慧玲, 宋新章, 哀建国, 江洪, 余树全. 增强紫外线-B辐射对凋落物分解的影响研究综述 . 浙江农林大学学报, 2010, 27(1): 134-142. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2010.01.022
[16]	孔红, 成仿云. 滇牡丹分类处理的细胞学与分子生物学证据 . 浙江农林大学学报, 2010, 27(4): 601-605. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2010.04.021
[17]	汪杭军, 张广群, 祁亨年, 李文珠. 木材识别方法研究综述 . 浙江农林大学学报, 2009, 26(6): 896-902.
[18]	龚直文, 亢新刚, 顾丽, 赵俊卉, 郑焰锋, 杨华. 天然林林分结构研究方法综述 . 浙江农林大学学报, 2009, 26(3): 434-443.
[19]	丁宏, 金永焕, 崔建国, 赵林森, 朴正吉. 道路的生态学影响域范围研究进展 . 浙江农林大学学报, 2008, 25(6): 810-816.
[20]	戴建兵, 俞益武, 曹群. 湿地保护与管理研究综述 . 浙江农林大学学报, 2006, 23(3): 328-333.

链接本文:
https://zlxb.zafu.edu.cn/article/id/2831

https://zlxb.zafu.edu.cn/article/zjnldxxb/2008/1/104

WeChat

点击查看大图

计量

文章访问数: 2172
HTML全文浏览量: 411
PDF下载量: 184
被引次数: 0

数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法

吴家胜¹,
汪旭升²

1. 浙江林学院林业与生物技术学院, 浙江临安 311300;

2. 浙江大学生物信息学研究所, 浙江杭州 310029

基金项目:

国家自然科学基金资助项目(30671704)

作者简介:
吴家胜,副教授,博士,从事森林培育和数量遗传学研究。E-mail:wujs@zjfc.edu.cn

收稿日期: 2007-04-20
修回日期: 2007-09-20
刊出日期: 2008-02-10

中图分类号: S718.46;Q343.1

关键词:

摘要: 几乎所有的农作物都开展了QTL (quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。

English Abstract

吴家胜, 汪旭升. 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法[J]. 浙江农林大学学报, 2008, 25(1): 104-108.

引用本文:

吴家胜, 汪旭升. 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法[J]. 浙江农林大学学报, 2008, 25(1): 104-108.

WU Jia-sheng, WANG Xu-sheng. Methods of bioinformatic analysis for candidate genes underlying quantitative trait loci(QTLs)[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2008, 25(1): 104-108.

Citation:

WU Jia-sheng, WANG Xu-sheng. Methods of bioinformatic analysis for candidate genes underlying quantitative trait loci(QTLs)[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2008, 25(1): 104-108.

全文HTML

/

下载: 全尺寸图片幻灯片

分享

用微信扫码二维码

分享至好友和朋友圈

返回