留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征

盛琰翔 刘春菊 王清华 迟田英 马洪超 王志亮 吴晓东 包静月

盛琰翔, 刘春菊, 王清华, 迟田英, 马洪超, 王志亮, 吴晓东, 包静月. 2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征[J]. 浙江农林大学学报. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
引用本文: 盛琰翔, 刘春菊, 王清华, 迟田英, 马洪超, 王志亮, 吴晓东, 包静月. 2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征[J]. 浙江农林大学学报. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
SHENG Yanxiang, LIU Chunju, WANG Qinghua, CHI Tianying, MA Hongchao, WANG Zhiliang, WU Xiaodong, BAO Jingyue. Evolution characterization of P gene of peste des petits ruminants virus in China from 2013 to 2017[J]. Journal of Zhejiang A&F University. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
Citation: SHENG Yanxiang, LIU Chunju, WANG Qinghua, CHI Tianying, MA Hongchao, WANG Zhiliang, WU Xiaodong, BAO Jingyue. Evolution characterization of P gene of peste des petits ruminants virus in China from 2013 to 2017[J]. Journal of Zhejiang A&F University. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742

本文已在中国知网网络首发,可在知网搜索、下载并阅读全文。

2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
基金项目: “十三五”国家重点研发计划项目(2017YF0501800);农业农村部动物疫情监测与防治项目(08-52)
详细信息
    作者简介: 盛琰翔,从事小反刍兽疫病毒分子溯源研究。E-mail:873959343@qq.com
    通信作者: 包静月,研究员,从事外来动物疫病病原分子溯源研究。E-mail:baojingyue88@163.com
  • 中图分类号: S852

Evolution characterization of P gene of peste des petits ruminants virus in China from 2013 to 2017

  • 摘要:   目的  探究中国小反刍兽疫病毒(PPRV)田间流行毒株P基因的分子进化特征。  方法  对2013−2017年中国21省份37个疫点的小反刍兽疫病毒流行毒株进行磷蛋白P基因序列比较和分子进化分析。  结果  37个毒株P基因核苷酸序列间的遗传距离为0~0.009 2,变异分布在47个位点;P蛋白氨基酸序列间的遗传距离为0~0.007 9,变异分布在26个位点。与15株代表毒株的序列比对发现:2013−2017年中国37株PPRV流行毒株P基因的10个位点发生了核苷酸序列突变,其中3个导致了氨基酸序列的改变。以最大似然法构建分子进化树,发现2013−2017年中国流行的37个毒株构成基因Ⅳ系中1个独立的进化分支,与2007年传入西藏的毒株处于不同的进化分支。  结论  2013−2017年中国小反刍兽疫病毒P基因变异较大;随毒株流行时间增长,P基因的突变位点增多,但不同毒株突变位点不同,表现为相对随机的突变。图3表4参12
  • 图  1  2013−2017年中国PPRV毒株P基因核苷酸序列同源性Simplot分析

    Figure  1  P gene nucleotide sequence similarity of China 2013−2017 PPRV strains using Simplot analysis

    图  2  2013−2017年中国37个PPRV毒株P蛋白氨基酸序列比对

    Figure  2  P protein amino acid sequence alignment of China 2013−2017 PPRV strains

    图  3  52个PPRV毒株P基因分子进化树

    Figure  3  Phylogenetic relationships of 52 PPRV genome sequences

    表  1  2014−2017年中国12株PPRV毒株信息

    Table  1.   Details of the 12 PPRV strains collected in China during 2014−2017

    毒株编号采样时间(年-月-日)来源省份毒株编号采样时间(年-月-日)来源省份
    JL4720142014-04-06吉林JS1420162016-01-20江苏
    JX620142014-07-21江西GX220162016-08-22广西
    ZJ820142014-10-11浙江HN1820162016-10-16湖南
    JX1720152015-03-30江西XJ3020172017-02-12新疆
    AH1620152015-04-09安徽HN020172017-03-05湖南
    GZ1120152015-09-02贵州GZ2520172017-09-21贵州
    下载: 导出CSV

    表  2  2013−2014年中国PPRV流行毒株信息

    Table  2.   Details of the PPRV strains collected in China during 2013−2014

    病毒名称采样时间(年-月-日)来源省份宿主病毒名称采样时间(年-月-日)来源省份宿主
    XJYL20132013-11-30新疆 山羊JL20142014-04-01吉林绵羊
    XJ220132013-12-20新疆 山羊JS20142014-04-02江苏山羊
    XJ320132013-12-21新疆 绵羊HeN20142014-04-03河南山羊
    XJ420132013-12-22新疆 山羊HB20142014-04-03湖北山羊
    XJ520132013-12-29新疆 山羊AH20142014-04-03安徽山羊
    GS20142014-01-22甘肃 绵羊SX20142014-04-05山西山羊
    NX20142014-02-17宁夏 绵羊GX20142014-04-16广西山羊
    LN20142014-03-17辽宁 山羊GZ20142014-04-21贵州山羊
    CQ20142014-03-30重庆 山羊ZJ20142014-04-25浙江山羊
    HLJ20142014-03-31黑龙江山羊HN20142014-04-25湖南山羊
    YN20142014-04-01云南 山羊GD20142014-05-15广东山羊
    SaX20142014-04-01陕西 山羊SC20142014-06-10四川山羊
    JX20142014-04-01江西 山羊
    下载: 导出CSV

    表  3  PPRV参考毒株信息

    Table  3.   Details of the PPRV reference strains used in this study

    毒株分离年来源地宿主GenBank号毒株分离年来源地宿主GenBank号
    Tibet/30/20072007中国西藏 山羊FJ905304Ethiopia 20102010埃塞俄比亚山羊KJ867541
    Tibet/33/20072007中国西藏 山羊KX421388Ghana NK1 20102010加纳   山羊KJ466104
    Tibet/Bharal/20082008中国西藏 山羊JX217850Oman 19831983阿曼   山羊KJ867544
    Côte d' Ivoire 891989科特迪瓦 山羊EU267273UAE 19861986阿联酋  山羊KJ867545
    Nigeria 76/11976尼日利亚 山羊EU267274India TN Gingee 20142014印度   山羊KR261605
    Turkey 20002000土耳其  山羊NC-006383Uganda 20122012乌干达  山羊KJ867543
    CIV 01 P 20092009科特迪瓦 山羊KR781451Morocco 20082008摩洛哥  山羊KC594074
    Ethiopia 19941994埃塞俄比亚山羊KJ867540
    下载: 导出CSV

    表  4  2013−2017年中国PPRV毒株P基因核苷酸和氨基酸序列变异情况

    Table  4.   Nucleotide and amino acid diversity of China 2013−2017 PPRV strains

    变异位点核苷酸/个氨基酸/个非同义突变率/%
    中国2013−2017年流行毒株第1位密码子1716 94.12
    第2位密码子 9 9100.00
    第3位密码子21 1 4.76
    合计    4726 55.32
    中国2013−2017年流行毒株与其他代表毒株第1位密码子 2 1 50.00
    第2位密码子 2 2100.00
    第3位密码子 6 0 0.00
    合计    10 3 30.00
    下载: 导出CSV
  • [1] WANG Zhiliang, BAO Jingyue, WU Xiaodong, et al. Peste des petits ruminants virus in Tibet, China [J]. Emerging Infect Dis, 2009, 15(2): 299 − 301. doi:  10.3201/eid1502.080817
    [2] BAO Jingyue, WANG Zhiliang, LI Lin, et al. Detection and genetic characterization of peste des petits ruminants virus in free-living bharals (Pseudois nayaur) in Tibet, China [J]. Res Vet Sci, 2011, 90(2): 238 − 240. doi:  10.1016/j.rvsc.2010.05.031
    [3] WU X, LI L, LI J, et al. Peste des petits ruminants viruses re-emerging in China, 2013−2014 [J]. Transboundary Emerging Dis, 2016, 63(5): e441 − 446. doi:  10.1111/tbed.12308.
    [4] 王清华, 刘春菊, 吴晓东, 等. 新疆小反刍兽疫疫情诊断[J]. 中国动物检疫, 2014, 31(1): 72 − 75. doi:  10.3969/j.issn.1005-944X.2014.01.022

    WANG Qinghua, LIU Chunju, WU Xiaodong, et al. Diagnosis of peste des petis ruminants in goats in Xinjiang, China [J]. China Anim Health Insp, 2014, 31(1): 72 − 75. doi:  10.3969/j.issn.1005-944X.2014.01.022
    [5] KWIATEK O, MINET C, GRILLET C, et al. Peste des petits ruminants (PPR) outbreak in Tajikistan [J]. J Comp Pathol, 2007, 136(2/3): 111 − 119. doi:  10.1016/j.jcpa.2006.12.002
    [6] SHAILA M S, SHAMAKI D, FORSYTH M A, et al. Geographic distribution and epidemiology of peste des petits ruminants viruses [J]. Virus Res, 1996, 43(2): 149 − 153. doi:  10.1016/0168-1702(96)01312-3
    [7] MUNIRAJU M, MUNIR M, PARTHIBAN A B R, et al. Molecular evolution of peste des petits ruminants virus [J]. Emerging Infect Dis, 2014, 20(12): 2023 − 2033. doi:  10.3201/eid2012.140684
    [8] BAO Jingyue, WANG Qinghua, LI Lin, et al. Evolutionary dynamics of recent peste des petits ruminants virus epidemic in China during 2013−2014 [J]. Virology, 2017, 510: 156 − 164. doi:  10.1016/j.virol.2017.07.018
    [9] SHAJI D, SHAILA M S. Domains of rinderpest virus phosphoprotein involved in interaction with itself and the nucleocapsid protein [J]. Virology, 1999, 258(2): 415 − 424. doi:  10.1006/viro.1999.9740
    [10] 刘春菊, 盛琰翔, 王清华, 等. 2013−2017年我国小反刍兽疫病毒H基因分子演化特征[J]. 中国动物检疫, 2019, 36(9): 19 − 24. doi:  10.3969/j.issn.1005-944X.2019.09.005

    LIU Chunju, SHENG Yanxiang, WANG Qinghua, et al. Molecular evolution characterization of H gene of peste des petits ruminants virus in China during 2013 to 2017 [J]. China Anim Health Insp, 2019, 36(9): 19 − 24. doi:  10.3969/j.issn.1005-944X.2019.09.005
    [11] KARLIN D, FERRON F, CANARD B, et al. Structural disorder and modular organization in Paramyxovirinae N and P [J]. J Gen Virol, 2003, 84(12): 3239 − 3252. doi:  10.1099/vir.0.19451-0
    [12] 包静月, 赵文姬, 李林, 等. 中国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gei/07-30磷蛋白基因的分子特征及其编码蛋白特性分 析[J]. 病毒学报, 2011, 27(1): 26 − 33.

    BAO Jingyue, ZHAO Wenji, LI Lin, et al. Sequence analysis of the phosphoprotein gene of peste des petits ruminants virus of Chinese origin [J]. Chin J Virol, 2011, 27(1): 26 − 33.
  • [1] 叶碧欢, 李海波, 叶卫邦, 陈友吾.  锈色粒肩天牛幼虫的COⅠ、COⅡ、Cytb和28S基因片段序列分析 . 浙江农林大学学报, 2020, 37(2): 303-310. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2020.02.015
    [2] 杨锦, 靳鹏, 刘芃, 羊健, 王洋, 戴良英, 陈剑平.  表达中国小麦花叶病毒(CWMV)外壳蛋白基因增强烟草对CWMV的抗病性 . 浙江农林大学学报, 2020, 37(2): 291-295. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2020.02.013
    [3] 毛玮, 曹跃芬.  棉纤维发育的遗传特性及相关基因的研究进展 . 浙江农林大学学报, 2018, 35(6): 1155-1165. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2018.06.021
    [4] 陆军, 孙丽娟, 王晓荣, 吉泓睿, 倪晓详, 程龙军.  巨桉糖基转移酶基因EgrGATL1序列特征及表达分析 . 浙江农林大学学报, 2018, 35(4): 604-611. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2018.04.004
    [5] 王志强, 周隽, 沈月琴.  基于自愿协议减排的企业演化博弈分析 . 浙江农林大学学报, 2014, 31(5): 785-790. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2014.05.020
    [6] 刘攀峰, 乌云塔娜, 杜兰英, 吴敏, 黄海燕, 杜红岩.  杜仲2-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合酶基因全长cDNA克隆与序列分析 . 浙江农林大学学报, 2014, 31(3): 410-416. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2014.03.013
    [7] 王国立, 安华明, 秦巧平, 李孟娇, 刘真真, 陈佳莹, 周倩, 张岚岚.  柑橘果实成熟特异基因CsPMEI/InvI的克隆与序列分析 . 浙江农林大学学报, 2013, 30(3): 336-342. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2013.03.005
    [8] 许晨璐, 张守攻, 孙晓梅.  针叶树基因组资源及其在遗传育种中的作用 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(5): 768-777. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.05.021
    [9] 姜晓玲, 黄秋娴, 李虹, 赵嘉平.  植物类甜蛋白基因家族研究进展 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(2): 279-287. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.02.019
    [10] 王策, 秦静静, 甘红豪1, 李红, 罗志斌.  毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析 . 浙江农林大学学报, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
    [11] 张晓飞, 李火根, 尤录祥, 曹健.  鹅掌楸不同交配组合子代苗期生长变异及遗传稳定性分析 . 浙江农林大学学报, 2011, 28(1): 103-108. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2011.01.016
    [12] 沈俊岭, 倪慧群, 陈晓阳, 黄少伟.  麻疯树遗传多样性的相关序列扩增多态性(SRAP)分析 . 浙江农林大学学报, 2010, 27(3): 347-353. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2010.03.005
    [13] 陈双林, 杨清平, 郭子武.  小佛肚竹竹丛结构对新竹秆形变异的影响 . 浙江农林大学学报, 2008, 25(1): 123-126.
    [14] 张飞, 房伟民, 陈发棣, 赵宏波, 贾文珂.  切花菊花器性状的遗传变异与相关性研究 . 浙江农林大学学报, 2008, 25(3): 293-297.
    [15] 王正加, 黄有军, 夏国华, 郑炳松, 金松恒, 黄坚钦.  山核桃APETALA1同源基因的克隆与序列分析 . 浙江农林大学学报, 2008, 25(4): 427-430.
    [16] 孙鸿有, 郑勇平, 翁春媚, 罗小华, 涂武泰, 蔡克孝.  杉木种子园种子品质性状变异及遗传参数 . 浙江农林大学学报, 2005, 22(1): 61-65.
    [17] 管兰华, 潘惠新, 黄敏仁, 施季森.  美洲黑杨×欧美杨F1 无性系遗传变异 . 浙江农林大学学报, 2004, 21(4): 376-381.
    [18] 童再康, 郑勇平, 罗士元, 杨惠平, 史红正.  黑杨派南方型新无性系纸浆材材性变异与遗传 . 浙江农林大学学报, 2001, 18(1): 21-25.
    [19] 林同龙.  杉木杂交后代胸径生长和木材体积质量的遗传变异及联合选择 . 浙江农林大学学报, 2000, 17(2): 142-145.
    [20] 刘洪愕, 童再康, 刘力, 毛迎春, 韩一凡.  杂种杨树纸浆用材良种材性的遗传变异和选择 . 浙江农林大学学报, 1994, 11(1): 1-6.
  • 加载中
  • 链接本文:

    http://zlxb.zafu.edu.cn/article/doi/10.11833/j.issn.2095-0756.20190742

    http://zlxb.zafu.edu.cn/article/zjnldxxb/2020/6/1

计量
  • 文章访问数:  27
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2019-12-10
  • 修回日期:  2020-08-08

2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
    基金项目:  “十三五”国家重点研发计划项目(2017YF0501800);农业农村部动物疫情监测与防治项目(08-52)
    作者简介:

    盛琰翔,从事小反刍兽疫病毒分子溯源研究。E-mail:873959343@qq.com

    通信作者: 包静月,研究员,从事外来动物疫病病原分子溯源研究。E-mail:baojingyue88@163.com
  • 中图分类号: S852

摘要:   目的  探究中国小反刍兽疫病毒(PPRV)田间流行毒株P基因的分子进化特征。  方法  对2013−2017年中国21省份37个疫点的小反刍兽疫病毒流行毒株进行磷蛋白P基因序列比较和分子进化分析。  结果  37个毒株P基因核苷酸序列间的遗传距离为0~0.009 2,变异分布在47个位点;P蛋白氨基酸序列间的遗传距离为0~0.007 9,变异分布在26个位点。与15株代表毒株的序列比对发现:2013−2017年中国37株PPRV流行毒株P基因的10个位点发生了核苷酸序列突变,其中3个导致了氨基酸序列的改变。以最大似然法构建分子进化树,发现2013−2017年中国流行的37个毒株构成基因Ⅳ系中1个独立的进化分支,与2007年传入西藏的毒株处于不同的进化分支。  结论  2013−2017年中国小反刍兽疫病毒P基因变异较大;随毒株流行时间增长,P基因的突变位点增多,但不同毒株突变位点不同,表现为相对随机的突变。图3表4参12

English Abstract

盛琰翔, 刘春菊, 王清华, 迟田英, 马洪超, 王志亮, 吴晓东, 包静月. 2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征[J]. 浙江农林大学学报. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
引用本文: 盛琰翔, 刘春菊, 王清华, 迟田英, 马洪超, 王志亮, 吴晓东, 包静月. 2013-2017年中国小反刍兽疫病毒P基因遗传演化特征[J]. 浙江农林大学学报. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
SHENG Yanxiang, LIU Chunju, WANG Qinghua, CHI Tianying, MA Hongchao, WANG Zhiliang, WU Xiaodong, BAO Jingyue. Evolution characterization of P gene of peste des petits ruminants virus in China from 2013 to 2017[J]. Journal of Zhejiang A&F University. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742
Citation: SHENG Yanxiang, LIU Chunju, WANG Qinghua, CHI Tianying, MA Hongchao, WANG Zhiliang, WU Xiaodong, BAO Jingyue. Evolution characterization of P gene of peste des petits ruminants virus in China from 2013 to 2017[J]. Journal of Zhejiang A&F University. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.20190742

返回顶部

目录

    /

    返回文章
    返回