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毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析

王策 秦静静 甘红豪1 李红 罗志斌

王策, 秦静静, 甘红豪1, 李红, 罗志斌. 毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析[J]. 浙江农林大学学报, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
引用本文: 王策, 秦静静, 甘红豪1, 李红, 罗志斌. 毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析[J]. 浙江农林大学学报, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
WANG Ce, QIN Jing-jing, GAN Hong-hao, LI Hong, LUO Zhi-bin. Genome-wide analysis of the phosphate transporter gene family in Populus trichocarpa[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
Citation: WANG Ce, QIN Jing-jing, GAN Hong-hao, LI Hong, LUO Zhi-bin. Genome-wide analysis of the phosphate transporter gene family in Populus trichocarpa[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006

毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
详细信息
    通信作者: 罗志斌

Genome-wide analysis of the phosphate transporter gene family in Populus trichocarpa

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    Corresponding author: LUO Zhi-bin
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出版历程
  • 收稿日期:  2011-08-10
  • 修回日期:  2011-11-11
  • 刊出日期:  2012-08-20

毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析

doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
    通信作者: 罗志斌

摘要: 磷酸根转运蛋白是一类主动转运磷酸根的重要载体蛋白。主要探讨毛果杨Populus trichocarpa全基因组中磷酸根转运蛋白(phosphate transporter)家族成员的系统发生和部分成员的理化性质、结构特点及亚细胞定位。以从毛果杨全基因组数据库中搜索并筛选得到的目标蛋白序列为基础,利用相关生物信息学软件对其进行系统发育分析,并利用一系列在线服务器对部分成员的理化参数、亲/疏水性、跨膜域、二级结构、三级结构和亚细胞定位进行了重点分析。结果表明,在毛果杨全基因组中共发现了31个磷酸根转运蛋白家族成员,根据其序列相似性,可分为4个亚家族,即PtrPHT1,PtrPHT2,PtrPHO1和PtrPHO2;PHT亚家族内的序列相似性高于PHO,并且高度保守;它们均为疏水性的全型蛋白质,PHTs一般具有12个跨膜域,多于PHOs;不同亚家族成员的亚细胞定位不尽相同。因此,毛果杨磷酸根转运蛋白不同亚家族间分开较早,它们在杨树磷素代谢中可能起着不同的作用,共同维持并调控杨树体内的磷素平衡。图6表4参17

English Abstract

王策, 秦静静, 甘红豪1, 李红, 罗志斌. 毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析[J]. 浙江农林大学学报, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
引用本文: 王策, 秦静静, 甘红豪1, 李红, 罗志斌. 毛果杨全基因组磷酸根转运蛋白家族成员序列分析[J]. 浙江农林大学学报, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
WANG Ce, QIN Jing-jing, GAN Hong-hao, LI Hong, LUO Zhi-bin. Genome-wide analysis of the phosphate transporter gene family in Populus trichocarpa[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006
Citation: WANG Ce, QIN Jing-jing, GAN Hong-hao, LI Hong, LUO Zhi-bin. Genome-wide analysis of the phosphate transporter gene family in Populus trichocarpa[J]. Journal of Zhejiang A&F University, 2012, 29(4): 516-526. doi: 10.11833/j.issn.2095-0756.2012.04.006

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